1959年4月建立。1960年与昆山、吴江、常熟三县京剧团合并后,定名苏州专区京剧团。下分一、二两团,一团主要演员有孙柏龄、邵麟童、那正鑫、石碧霜、孙国良、李燕春、陶金泉和临时特邀演员苏承龙等;二团主要演员有张剑鸣、胡芝风、俞少荃、唐炜秋、冯友年、张善鸿、张丽珠、蒋雯美和临时特邀演员苏少舫等。1961年8月,苏州市又为省辖市,苏州专区京剧一、二团,复称苏州专区京剧团和苏州市京剧团。其时胡芝风主演的《红梅阁》、《百花公主》在群众中已有影响。1963年至1966年,剧团创作、改编、移植演出的现代戏,有《社长的女儿》、《首战平型关》、《南海长城》、《山乡风云》、《洪湖赤卫队》等;其中创作的《一元钱》、《海岛擒敌》两剧,参加1965年江苏省京剧革命现代戏观摩演出大会。

文化大革命中,剧团领导与一批演职员被下放、转业。市京剧团留下的部分演员和其他剧种调入的演员,组成文艺革命委员会京剧连。1978年恢复原来建制,下放、转业人员调回。1979年1月,创作排演的现代京剧《血冤记》,参加江苏省京剧创作剧目会演大会,获优秀演出奖。6月,由张剑鸣主演的《十字坡》、《一箭仇》、《恶虎村》等盖派名剧,参加剧协上海分会主办的盖派艺术展览演出。同时,胡芝风主演的《李慧娘》先后在上海、北京、天津、武汉、大连、青岛等二十多个大中城市巡回演出;1981年春,上海电影制片厂将该剧拍摄成彩色戏曲片,同年8月,应香港联谊公司特邀赴香港演出,翌年10月,又应意大利威尼斯市长里戈邀请,赴意大利演出,深受海内外广大观众欢迎;至1982年底,该剧共演出六百三十场,观众达七十九万人次。

1983年地、市合并,苏州市京剧团改称苏州市京剧一团,苏州地区京剧团改苏州市京剧二团。京剧二团创作的《挡御驾》,获1983年江苏省新剧目调演剧本创作奖。1984年7月,两团合并为苏州市京剧团。